L’introduction de la mixité dans l’enseignement secondaire supérieur a principalement été envisagée dans une perspective de progrès social et de démocratisation de l’enseignement. Néanmoins, dans les pays anglo-saxons et germanophones à partir des années 1980, des voix critiques se sont fait entendre sur les effets négatifs de la mixité à l’école : en effet, la mixité ne menait pas nécessairement à l’égalité des chances pour les garçons et les filles (Burgess 1990). Ce débat n’a atteint la France que beaucoup plus tard (Delley 1998, Mosconi 2004). Basés sur la recherche en éducation, les aspects suivants sont mis en avant:
les manuels scolaires sont toujours fortement dominés par les figures masculines;
les comportements stéréotypés des filles et des garçons se trouvent renforcés;
l’éventail des choix professionnels et d’études des garçons et des filles se voit réduit.
D’autre part, les expériences faites dans certains contextes d’éducation non-mixtes suggèrent que les performances des femmes en mathématiques et en sciences sont supérieures et que leurs choix d’études sont plus larges que dans les établissements mixtes (Teubner 1997a ; Zagefka 1997). La mixité dans le domaine de l’éducation n'en est cependant pas remise en cause pour autant. On estime toutefois que des stratégies doivent être mises en œuvre afin de parer aux effets négatifs de la mixité et de réaliser l’égalité entre filles et garçons dans le domaine de la formation. L'une d'elles consiste à mener ouvertement une réflexion autour de la mixité, tandis que l'autre revient à proposer ponctuellement des espaces éducatifs non-mixtes.